این استان به دلیل شرایط جغرافیایی و قومی نسبت به دیگر نقاط عمان، مورد بیتوجهی حکومت مرکزی بود و منطقهای محروم محسوب میشد.
قبایل منطقه ظفار روحیه استقلالطلبی داشتند و برای استقلال از حکومت مرکزی دست به اسلحه میبردند.
گروههای مخالف حکومت مرکزی در منطقه ظفار در سال ۱۳۴۴ جبههای تشکیل دادند به نام جنبش آزادیبخش ظفار که توانست کنترل بخشهای عمدهای از منطقه را در دست بگیرد.
سعید بن تیمور سلطان وقت عمان، سرسپرده بریتانیا به شمار میرفت و با این کشور قرارداد نفتی امضا کرده بود و این موضوع در اتحاد قبایل علیه حکومت مرکزی بیتاثیر نبود.
به هر حال در سایه همین رویدادها جنبش آزادیبخش ظفار در ۱۹۶۲ با هدف استقلال ظفار شکل گرفت. این سازمان در ابتدا تحت تأثیر اندیشههای ملیگرایانه رهبران قبایل منطقه بود و از کمکهای نظامی عربستان سعودی نیز سود میبرد. چریکهای ظفاری علاوه بر حملات خرابکارانه به ادارات دولتی و تأسیسات نفتی توانستند بخشهایی از ظفار را نیز آزاد کنند.
در کل دو حادثه موجب شد تا قدرت چپگراها و ناصریستها در این سازمان افزایش پیدا کند. اول شکست اعراب در جنگ شش روزه که دیدگاههای رادیکال را در تمام جهان عرب تقویت کرد و دیگری تشکیل جمهوری دمکراتیک یمن (یمن جنوبی) با خروج نیروهای انگلیسی از عدن. در کنگره دوم سازمان در شهر حمرین، یمن (سپتامبر ۱۹۶۸) بیشتر پستهای کلیدی در اختیار رادیکالها قرار گرفت و نام آن نیز به «جبهه مردمی برای آزادی خلیج عربی اشغالی» تغییر کرد. سازمان با گرایش به مارکسیسم لنینیسم از کمکهای گسترده یمن جنوبی و چین برخوردار شد. کمک چین بهویژه از آن جهت بود که آنها سازمانی با پایگاه دهقانی و باورهای مائوئیستی قوی بودند. چین بیدرنگ سفارت خود را در عدن تأسیس کرد و از یمن جنوبی به عنوان محل انتقال سلاح به عمان استفاده میکرد. اعضای سازمان همچنین از آموزش جنگهای نامنظم و تعلیمات مکتبی چین و شوروی بهره میبردند.
در سال ۱۳۴۹ سعید بن تیمور با کودتای پسرش برکنار شد. سلطان جدید که به سلطان قابوس مشهور شد، با گسترش مبارزات جنبش آزادی بخش عمان روبرو بود.
این جنبش تا اوایل دهه ۵۰ توانسته بود به پیروزیهایی دست یابد و مناطقی را در عمان تصرف کند.
از آنجا که بریتانیا از عمان و خلیج فارس بیرون رفته و جز مستشاران اندکی در آن نمانده بودند، سلطان قابوس از کشورهای عربی درخواست کمک کرد.
جز اردن کشور دیگری دخالت نکرد بنابراین سلطان قابوس رسما از ایران در خواست دخالت نظامی کرد.
محمد جعفر چمنکار در کتاب بحران ظفار و رژیم پهلوی نوشته است: "شاه طی سخنان خود در تیرماه ۱۳۵۳ گفت: 'سلطان عمان کاملا تنها بود و هیچکس به وی کمک نمیکرد. در آنجا وحشیهای بدبخت ظفار وجود داشتند که به خود، نام ارتش آزادیبخش داده بودند'."
برخی تحلیلگران عملیات نظامی ایران علیه ظفار را محصول جنگ سرد میدانند.
علیرضا ذاکر اصفهانی در مقالهای با عنوان ایران و بازیگران جنگ ظفار از شاه سابق ایران نقل قول کرده است: "بر اثر استمداد اضطراری سلطان نشین عمان بود که در سال ۱۹۷۳ به آن دولت کمک نظامی کردم. چون ظفاریها به کمک یمن جنوبی، کمونیستها و چین، سلطان عمان را تهدید می کردند."
بنا به نظر ذاکر اصفهانی، "عواملی چون سیاست بینالمللی از قبیل فعالیت ابرقدرتها در منطقه و تغییر سیاستهای خارجی [کشورهای] منطقه از قبیل عراق، عربستان سعودی، اسراییل و مصر، سیاست های خارجی [شاه] را شکل داده و مقید میکردند."
در آذر ۱۳۵۱ اولین یگان نظامی ایرانی وارد عمان شد. از تعداد نیروهای اعزامی ارقام موثقی در دست نیست و در گزارشهای مختلف از ششصد تا چهارهزار نفر برآورد شده است.
این عملیات سه سال طول کشید و آمار کشته شدگان هیچ وقت رسما اعلام نشد اما در منابع مختلف، تعداد کشته شدگان ۲۰۰ تا ۱۴۰۰ نفر ذکر شده است. شاه ایران در گفتوگو با روزنامه السیاست کویت از کشته شدن ۵۰ نفر خبر داده بود.
خبر جنگ ایران با ظفار تا ۱۳۵۳ رسما اعلام نشد. در آن سال حکومت وقت گزارشگرانی را به منطقه فرستاد.
کیهان نوشت: "این نخستین باری است که منابع ایرانی درباره حضور قوای ایران در عمان، عکسها و گزارشهای مفصلی را انتشار میدهند."
حکومت ایران روز ۲۵ مهر ۵۴ اعلامیه پایان کار شورشیان صادر کرد و سلطان قابوس در آذر ۱۳۵۴ رسما اعلام کرد که جنگ ظفار پایان یافته است.
جنبش آزادیبخش عمان در سال ۱۹۸۱ منحل شد. برخی از نیروهای ارتشی باقیمانده در عمان با وقوع انقلاب به ایران بازگشتند.
چمنکار معتقد است که "دکترین دو ستونی" نیکسون یکی از دلایل کمک نظامی ایران در عمان است.
طبق این دکترین، دو کشور ایران و عربستان نقش ویژهای در خاورمیانه داشتند.
بعد از خروج بریتانیا از کانال سوئز و خلیج فارس و تاثیرات جنگ ویتنام بر آمریکا، نیکسون اعلام کرد که حفظ امنیت و دفاع از هر منطقه بر عهده کشورهای همان منطقه است که دوست و تامین کننده منافع آمریکا باشند.
وقتی سلطان قابوس از ایران درخواست کمک کرد، بریتانیا و آمریکا از آن استقبال کردند و به ایران کمک کردند.
در این مرحله بود که ژاندرم شدن ایران در منطقه مطرح شد.
ایران در اوایل دهه ۵۰ از لحاظ اقتصادی رشد کرده بود و از توان نظامی برخوردار بود.
بنا به گزارش چمنکار، شاه در برابر این سوال که چرا ایران پلیس خلیجفارس شده است؟ گفت: "پلیس، آخرین چیزی است که ما میخواهیم باشیم. ما به کرات گفتهایم که مایلیم همکاری منطقهای داشته باشیم لکن اگر سایرین فاقد وسیله تضمین ثبات در منطقه باشند، ما میتوانیم این مهم را به عهده بگیریم."
شاه در اظهارنظرهای دیگر هم نشان داد که از این عنوان استقبال میکند؛ او در سال ۱۳۵۶منطقه گفت: "ایران در صورت تقاضای کمک از طرف کشورهای آزاد خلیج فارس از امنیت هر کشوری در این منطقه دفاع میکند."
اما سال ۱۳۵۷ خلاف تصور او رقم خورد.