با شیوع بیماری آنفلونزا در سال ۱۳۰۹ هجری قمری، شکوه‌السلطنه نیز به این بیماری مبتلا شد. پزشکان فرنگی به تهران برای مداوای او فراخوانده شدند، اما شکوه‌السلطنه با استخاره مداوا توسط اطبای ایرانی را برگزید. او پس از سه ماه و با شدت گرفتن بیماری در سن پنجاه و هفت سالگی در تاریخ ۱۴ شوال ۱۳۰۹ درگذشت. جنازه شکوه‌السلطنه در سال ۱۳۲۳ هجری قمری به عتبات عالیات منتقل شد.